Os efeitos secundários da minociclina, como dor abdominal, náuseas e outros sintomas comuns, não são graves, mas podem ocorrer sintomas graves como choque e necrólise epidérmica tóxica e desprendimento da epiderme. A minociclina é indicada para infecções causadas por estafilococos, estreptococos, pneumococos, Neisseria gonorrhoeae, bacilos da disenteria, Escherichia coli, Klebsiella, Aspergillus, Pseudomonas aeruginosa, Treponema pallidum e Chlamydia, e outros agentes patogénicos susceptíveis ao produto. As reacções adversas mais comuns observadas no estudo foram sintomas gastrointestinais, como dores abdominais, náuseas, anorexia e tonturas, que desapareceram gradualmente após a descontinuação do medicamento, e as reacções adversas foram relativamente ligeiras. A alergia à minociclina que não seja tratada a tempo pode resultar em situações graves, como choque, e existe o risco de necrólise epidérmica tóxica, que pode ser fatal. Se tiver uma reação adversa à minociclina e esta não se resolver, recomenda-se que se dirija a um hospital normal.