Um diagnóstico de encefalite em crianças não pode ser confirmado apenas por análises sanguíneas. A encefalite é uma infecção do sistema nervoso central e pode apresentar dores de cabeça, vómitos, convulsões, coma, e pode apresentar sinais de localização, sinais de irritação meníngea, resistência do pescoço, sinal de Creutzfeldt-Jakob, sinal de Bruch, e um sinal Pap negativo. Para confirmar o diagnóstico de encefalite, o melhor critério é a punção lombar. O líquido cefalorraquidiano obtido por punção lombar é examinado para a rotina do líquido cefalorraquidiano, bioquímica do líquido cefalorraquidiano e patogénese do líquido cefalorraquidiano para determinar o tipo de encefalite. A punção lombar também pode ser utilizada para determinar a pressão do líquido cefalorraquidiano e para determinar se existe alguma hipertensão craniana. Os testes de anticorpos podem ser realizados através da colheita de sangue, uma vez na fase aguda para determinar anticorpos patogénicos na fase aguda, e uma vez na fase de recuperação para determinar anticorpos patogénicos na fase de recuperação. Se for superior a 4 vezes, é possível determinar que tipo de antigénio é responsável pela encefalite viral.