Os pólipos encontrados na gastroscopia podem ser removidos por via endoscópica ou submetidos a tratamento cirúrgico direto. Atualmente, a remoção endoscópica de pólipos gástricos inclui a dissecção endoscópica da mucosa e a ressecção endoscópica da mucosa, que se limita aos pólipos que não invadem a camada muscular, mas apenas na camada mucosa ou na camada submucosa. Os métodos de remoção direta de pólipos por via endoscópica incluem a excisão por eletrocoagulação de alta frequência, a electrocauterização por laser e micro-ondas e a ligadura com fio de nylon, que minimizam o trauma para o corpo humano quando comparados com a cirurgia tradicional ou a cirurgia laparoscópica. Quando os pólipos gástricos são grandes, ou a raiz invade a camada muscular e abaixo, e têm tendência para se tornarem cancerosos, e a remoção completa não pode ser conseguida através de cirurgia endoscópica ou o risco de remoção endoscópica é demasiado grande, pode optar-se pela remoção cirúrgica, e atualmente os métodos cirúrgicos incluem a cirurgia aberta tradicional e a cirurgia laparoscópica. Em comparação com a cirurgia aberta tradicional, a operação laparoscópica é menos traumática e a recuperação pós-operatória é mais rápida. Se o pólipo gástrico for acompanhado de infeção por Helicobacter pylori, o tratamento de erradicação é efectuado utilizando o método quádruplo, ou seja, um inibidor da bomba de protões, como o omeprazol + um bismuto, como a pectina de bismuto + dois antibióticos, como a amoxicilina e a claritromicina. Quando são detectados pólipos gástricos, recomenda-se que seja efectuado um tratamento adequado sob a supervisão de um médico.