A fibrilhação auricular (FA) pode causar aumento do coração e insuficiência cardíaca e pode aumentar consideravelmente o risco de coágulos sanguíneos e acidentes vasculares cerebrais. Como as aurículas perdem a capacidade de se contraírem eficazmente durante a FA, o sangue tende a estagnar nas aurículas, podendo então formar um coágulo sanguíneo. Este trombo (coágulo) desprende-se e desloca-se com o sangue para os ventrículos e depois com o sangue arterial para os ramos das artérias cerebrais, onde pode formar uma embolia cerebral (ou seja, um AVC). Se se deslocar para um membro, pode causar uma embolia arterial no membro, que pode ser suficientemente grave para exigir uma amputação. A incidência de AVC é seis vezes superior em pessoas com fibrilhação auricular do que em pessoas normais. A incidência de embolia é maior nos doentes com mais de 65 anos de idade e com antecedentes de AVC, doença hipertensiva, diabetes e insuficiência cardíaca. Por conseguinte, os doentes com fibrilhação auricular devem ser tratados de forma agressiva. Na FA primária, paroxística e de curta duração (<2 anos), o ritmo sinusal deve ser restaurado tanto quanto possível; na FA permanente é necessária uma anticoagulação rigorosa e o controlo da frequência ventricular.