Os quistos de chocolate podem ser tratados com medicação após a cirurgia. No entanto, dependendo da condição do paciente, diferentes medicamentos devem ser escolhidos para o tratamento, a fim de obter uma melhor recuperação pós-cirúrgica e cuidados de saúde. É necessária medicação a longo prazo para o tratamento após a cirurgia do quisto de chocolate. Devido à elevada taxa de recorrência dos quistos de chocolate, a medicação deve ser tomada a tempo, regularmente e de acordo com as indicações médicas. Atualmente, os medicamentos mais utilizados são os medicamentos GnRh-a ou o Dinorelgestrol. Os medicamentos GnRh-a são geralmente injectados por via subcutânea ou aplicados por via intramuscular. O dinogestrel, por outro lado, pertence à classe dos medicamentos orais e tem de ser aplicado continuamente todos os dias e todos os meses, pelo que se deve estar preparada para o tomar durante um longo período de tempo. Pode ocorrer hemorragia vaginal após a aplicação dos dois tipos de medicamentos acima referidos, pelo que deve ser levada ao hospital atempadamente e utilizada em intervalos regulares, conforme prescrito pelo médico. Após uma hemorragia vaginal, deve ser efectuado um exame completo antes de continuar a aplicação.