Para a BSE, que é uma vacina inactivada, os efeitos adversos são ligeiramente mais elevados do que para outras vacinas. A maioria dos pacientes pode desenvolver uma febre, cerca de 10%, mas geralmente é uma febre moderada, não superior a 39°C e que dura cerca de dois dias, e alguns pacientes podem desenvolver uma alergia, manifestada por uma erupção cutânea e prurido. Alguns doentes podem desenvolver sintomas como infecções gastrointestinais, tais como dores abdominais, inchaço, vómitos, diarreia, e finalmente alguns doentes podem desenvolver sintomas semelhantes aos da gripe, tais como congestão nasal, corrimento nasal e dor de garganta. Existem também reacções adversas raras à vacina da BSE, incluindo uma diminuição dos glóbulos brancos e um inchaço dos gânglios linfáticos.