Clinicamente, a maioria dos quistos da pineal não apresenta sintomas. Quando os quistos são de grandes dimensões, a maioria dos sintomas são compressão neurológica e hipertensão intracraniana, como cefaleias e náuseas. Os quistos da pineal são quistos localizados na região da pineal, que são lesões benignas. Geralmente, os quistos da pineal são pequenos em tamanho e não comprimem os tecidos cerebrais circundantes, pelo que não causam sintomas. Quando os quistos da pineal são de grandes dimensões, podem comprimir o tecido cerebral circundante, causando obstrução da circulação do líquido cefalorraquidiano, levando ao aumento da pressão intracraniana e a sintomas como cefaleias, náuseas, vómitos e visão turva, que pode mudar com a posição do corpo. A compressão da glândula pituitária pode levar à redução da secreção de gonadotrofinas, causando perturbações endócrinas. Podem também ocorrer perda de audição, diminuição do campo visual e disfunção dos movimentos dos membros. Se as manifestações clínicas correspondentes ocorrerem, deve dirigir-se ao hospital a tempo de consultar um médico e, após um exame pormenorizado por um médico profissional, formular um plano de tratamento adequado.