Para os pacientes que tomam inibidores da bomba de prótons durante muito tempo e não podem deixar de os tomar, deve ser dada atenção aos seus efeitos na absorção de nutrientes: Efeitos sobre a absorção do cálcio: O forte efeito supressor de ácido do PPI perturba o ambiente ácido do estômago e do duodeno superior, o que impede que o cálcio ionize e permaneça no chyme, afectando a sua absorção. A subabsorção crónica do cálcio provocará uma diminuição da concentração de cálcio no sangue e estimulará a libertação da hormona paratiróide, que por sua vez promove a reabsorção óssea mediada por osteoclastos, levando à osteoporose e aumentando assim a incidência de fracturas. Efeito sobre a absorção de ferro não heme: Como o PPI inibe fortemente a secreção de ácido gástrico, o ferro trivalente não é facilmente reduzido a ferro divalente absorvível, que pode formar mais complexos com vitamina C activa, açúcares e aminas, facilitando a sua absorção no duodeno. Efeito na absorção da vitamina B12: A PI inibe a secreção de ácido gástrico e reduz a separação da proteína B12 vegetariana da proteína alimentar, que é livre e depois liga-se à proteína R e ao factor interno para atingir o fim do íleo a ser absorvido.