Desde que se trate de uma pílula contraceptiva de emergência, não existe tal coisa como um efeito secundário clinicamente menor. Como a pílula contraceptiva de emergência é um progestógeno altamente eficaz, contém cinco vezes a quantidade de progestógeno como a pílula normal e, portanto, causa efeitos secundários relativamente grandes. Como a pílula inibe a ovulação, quebra a função fisiológica normal da ovulação dos ovários. Isto pode levar a perturbações endócrinas e distúrbios menstruais, bem como a hemorragia de abstinência. É aconselhável não usar a pílula como um contraceptivo regular, mas sim usar um preservativo durante o sexo, que é mais seguro e quase não tem efeitos secundários. Se não estiver a planear engravidar durante muito tempo, é aconselhável o uso de um DIU.