A hipospádia em recém-nascidos pode ser tratada com cirurgia e a cirurgia é a única forma de tratar a hipospádia em crianças.
A cirurgia para a hipospádia é normalmente adequada por volta dos 6 meses a 1 ano de idade, e toda a cirurgia correctiva deve ser concluída até aos 5 anos de idade. Se não for tratada cirurgicamente, pode provocar efeitos negativos como baixa autoestima, personalidade retraída na população pediátrica e incapacidade de ter filhos na idade adulta.
O objetivo da cirurgia é corrigir o estado de recurvatura peniana, de modo a que o orifício uretral seja restaurado para a posição normal ou próxima desta, e a criança possa urinar de pé para garantir a fertilidade na idade adulta.
Se os pais de recém-nascidos descobrirem que os seus filhos têm uma posição anormal do orifício uretral e uma forma anormal do pénis, devem procurar aconselhamento médico para descobrir a causa da doença, corrigir a deformidade através de cirurgia e tentar restaurar a função fisiológica normal.