O processo de esterilização dos colonoscópios é muito complexo. A limpeza da colonoscopia tem de passar por várias fases: em primeiro lugar, a colonoscopia usada é limpa primeiro com água, a sujidade será lavada na maior parte das vezes por enxaguamento com água; em segundo lugar, é submetida a lavagem enzimática, ou seja, é adicionada uma enzima ao líquido de lavagem, que é um tipo de enzima, e este tipo de enzima tem um efeito de dissolução suficiente nas proteínas, células e outras substâncias do corpo humano e, depois disso, tem de ser enxaguada com água; e depois é colocada na máquina de esterilização automática, que está equipada com a escova de tubagem prescrita. Em seguida, é colocado no esterilizador automático, que está equipado com as escovas de tubos prescritas para limpar os tubos do tubo de enxaguamento e do tubo de sucção; depois, tem de ser lavado enzimaticamente pela segunda vez e, finalmente, colocado novamente no esterilizador. Todo o processo demora cerca de 4 a 5 vezes, com diferentes formas de desinfeção, e tem de ser secado com uma pistola de ar de alta pressão. A desinfeção é muito limpa e não provoca a propagação de doenças, e não haverá sujidade, pelo que a desinfeção da colonoscopia é muito completa.