O tempo necessário para uma colonoscopia varia normalmente entre quinze minutos e uma hora. Se o doente colaborar durante a colonoscopia e não for detectada qualquer doença intestinal, a colonoscopia demorará apenas cerca de quinze minutos. No entanto, se o doente não colaborar e não estiver completamente descontraído, isso pode afetar a duração do exame. Se a colonoscopia sugerir uma doença, como um pólipo do cólon, pode ser necessário efetuar uma polipectomia colonoscópica, o que demorará mais algum tempo e, se houver mais pólipos, demorará mais tempo, possivelmente até uma hora. Além disso, se se tratar de uma colonoscopia indolor, ou seja, uma colonoscopia efectuada sob anestesia geral, será mais demorada do que uma colonoscopia normal, podendo demorar mais de meia hora, ou mesmo mais de uma hora.