Os doentes com acidemia metilmalónica apresentam normalmente sintomas gastrointestinais, como diarreia, inchaço e vómitos. Os doentes neonatais podem sofrer de choro inexplicável, hipotonia e fraqueza muscular. Alguns doentes podem sofrer de diarreia e inchaço, o que pode levar a uma desnutrição neonatal que conduz à desidratação, ou mesmo a sintomas potencialmente fatais como coma, atrofia e acidose. Se as crianças sofrerem de acidemia metilmalónica, sofrerão de atraso no crescimento, baixa força mental e física e até regressão. Ocorrem perturbações da consciência e do movimento, bem como perda de apetite, o que muitas vezes leva a erros de diagnóstico e de diagnóstico devido a estes sintomas. Os doentes adultos têm frequentemente problemas no sistema músculo-neurológico, tais como tonturas, dores de cabeça, hemiparesia, dormência muscular e tremores involuntários.