O acompanhamento pós-operatório da função tiroideia é consistente com o DTC, mas não requer terapia de supressão de TSH. A calcitonina sérica e a CEA são os marcadores bioquímicos mais específicos para MTC e são obrigatórios no acompanhamento. Para pacientes cujos níveis séricos de calcitonina e CEA voltam ao normal após a cirurgia, o período de seguimento pode ser referido ao de DTC de baixo risco; para pacientes cujos níveis séricos de calcitonina e CEA não se situam no intervalo normal mas estão em níveis mais baixos, o período de seguimento pode ser referido ao de DTC de alto risco; para pacientes cujos parâmetros bioquímicos ainda se encontram em níveis elevados, recomenda-se um seguimento próximo. A extensão do tumor deve ser determinada por TC ou MRI, e a PET-CT deve ser realizada, se necessário.