A calcitonina elevada pode causar condições tais como náuseas, vómitos, rubor facial, dormência e formigueiro nas mãos. Outros efeitos secundários incluem erupções cutâneas, mau gosto na boca, dores abdominais, micção frequente e calafrios. Também podem ocorrer reacções inflamatórias no local da injecção. Os anticorpos também podem ser produzidos no sangue com uso prolongado, que geralmente não afectam a eficácia e permanecem eficazes após a tolerância à calcitonina derivada de animais e à calcitonina adulta se ter desenvolvido. Outras reacções adversas incluem dores de cabeça, arrepios, pressão no peito, fraqueza, tonturas, congestão nasal, falta de ar, dores nos olhos, inchaço dos membros inferiores e a necessidade de estar alerta para contracções dos membros causadas por baixos níveis de cálcio no sangue.