O complemento C3 é um mediador inflamatório no organismo e é responsável pela resposta imunitária no organismo. Quando vírus e bactérias infectam o corpo, o corpo estimula uma resposta imunitária para matar estes agentes patogénicos, e o complemento C3 é um dos mediadores inflamatórios envolvidos na matança de bactérias e vírus. Esta é uma resposta fisiológica normal que protege o corpo, mas a secreção anormal do complemento C3 também pode levar ao desenvolvimento de doenças como a nefropatia associada ao complemento C3. O complemento C3 também pode ser utilizado clinicamente para determinar se a doença é activa, por exemplo, na nefrite lupus, se o complemento C3 é significativamente inferior e a sedimentação é significativamente superior, o lúpus é considerado activo. O complemento C3 também pode ser utilizado para avaliar a regressão da doença, por exemplo, na glomerulonefrite aguda, se se verificar que o complemento C3 está a voltar gradualmente ao normal, isto sugere que a glomerulonefrite recuperou.