As diferenças clínicas entre tiroidite e faringite manifestam-se principalmente nos três pontos seguintes: primeiro, a tiroidite, a grande maioria da qual é subaguda, tem geralmente uma infecção viral do tracto respiratório superior uma semana antes, pelo que o agente causador é um vírus; faringite cujo agente causador pode incluir bactérias, vírus ou outros microrganismos, ou mesmo gases industriais nocivos. Em segundo lugar, em termos de manifestações clínicas, a tiroidite subaguda manifesta-se principalmente por dores no pescoço, por vezes mais intensas; a faringite manifesta-se principalmente por infecção do tracto respiratório ou tosse, ou mesmo náuseas. Em terceiro lugar, em termos de tratamento, o tratamento da tiroidite subaguda requer normalmente terapia hormonal, e o fármaco clínico comummente utilizado é a prednisona; enquanto o tratamento da faringite é principalmente anti-viral, anti-infeccioso e antibiótico, evitando ao mesmo tempo os estímulos, tais como o isolamento da estimulação de gases nocivos.