O prognóstico para a maioria dos casos de tiroidite de Hashimoto é bom, mas há uma tendência para se desenvolver naturalmente em hipotiroidismo, com um processo de hipertiroidismo seguido de hipotiroidismo, pelo que o foco principal é o tratamento sintomático, com diferentes medicações necessárias em diferentes momentos. Os medicamentos normalmente utilizados incluem: β-bloqueadores: Propranolol, principalmente para taquicardia e outras complicações causadas pela tirotoxicose durante o hipertiroidismo. Anti-inflamatórios e analgésicos: utilizados principalmente para aliviar a inflamação e dor da tiróide. Em casos ligeiros, apenas são necessários AINEs como aspirina, ibuprofeno e indometacina; em casos moderados a graves, estão disponíveis glicocorticóides como a prednisona. Levotiroxina: O componente principal é a hormona tiroidiana e é utilizada para a terapia de reposição hormonal. A maior parte da tiroidite é submetida a um processo que vai do hipertiroidismo ao hipotiroidismo e a levotiroxina é geralmente utilizada para a fase hipotiroidiana do tratamento. Para pacientes com aumento grave da glândula tiróide, sintomas de pressão significativa e sem alívio da medicação, a cirurgia também é uma opção, mas as hipóteses de conversão ao hipotiroidismo após a cirurgia são maiores e é necessária medicação para toda a vida. Portanto, a tiroidite de Hashimoto é uma forma de tiroidite auto-imune, que é auto-limitada e não requer normalmente tratamento clínico específico, apenas gestão sintomática, e eventualmente transforma-se normalmente em hipotiroidismo.