O metronidazol é irritante para o estômago e está principalmente associado a desconforto estomacal, perda de apetite, náuseas ou, em casos graves, vómitos, pelo que se recomenda que seja tomado após as refeições e que não seja consumido álcool durante três dias. Se a reacção adversa for muito grave, pode ser tratada com protectores adequados da mucosa gástrica, supressores ácidos, etc. O doente pode ser tratado com omeprazol ou outros antibióticos. Se o doente sofrer de doenças gastrointestinais tais como úlcera duodenal, gastrite ou úlcera gástrica, pode ser tratado com antibióticos tais como penicilinas tais como amoxicilina ou claritromicina, ou pode tomar medicamentos para proteger a mucosa gástrica tais como bismuto em pectina. Os pacientes devem prestar atenção à regularidade da sua dieta, comer a tempo, fazer pequenas e frequentes refeições, e concentrar-se na leveza, não comendo alimentos crus, frios, gordurosos e irritantes.