O metronidazol é irritante para o estômago e pode causar desconforto estomacal, perda de apetite, náuseas ou, em casos graves, vómitos, pelo que se recomenda tomá-lo após as refeições e não beber álcool durante três dias. Se a reacção adversa for muito grave, o doente pode ser tratado com medicamentos apropriados, tais como protectores da mucosa gástrica e supressores de ácidos. Os doentes devem prestar atenção à regularidade da sua dieta, comer regularmente, comer pequenas e frequentes refeições, e evitar alimentos frios, gordurosos e estimulantes.