O vírus é muito sensível ao ácido, a pH 5,0, pode inactivar 90% da viabilidade em 1 segundo, a pH 5,5 demora 1 minuto a matar mais de 90% da viabilidade, pelo que pode ser desinfectado com vapor de essência de vinagre. É também muito sensível aos álcalis. 2% de bicarbonato de sódio ou 2% de hidróxido de potássio, 4% de carbonato de sódio, 1-2% de solução de formaldeído, 30% de cinzas de erva, 0,2%-5% de solução de ácido peroxiacético, 5% de hipoclorito de sódio, 5% de amoníaco, 0,1% de solução líquida de esterilização, etc. são todos bons desinfectantes e podem ser utilizados para a desinfecção. O vírus da febre aftosa não tem medo de secar e pode sobreviver durante semanas a meses em condições naturais em tecidos ou alimentos contaminados que contenham o vírus; o vírus nas fezes pode sobreviver durante cerca de 1 mês na estação quente.