A intolerância à lactose nos bebés deve-se à baixa produção de lactase nos bebés, que são incapazes de digerir e decompor totalmente a lactose do leite materno ou do leite de vaca, o que resulta em diarreia não infecciosa nos bebés. Existem duas causas gerais, uma é a deficiência congénita de lactase, que é causada por uma anomalia genética, pelo que normalmente é difícil de aliviar e persiste, o que é muito raro. A segunda é a deficiência secundária de lactase, que normalmente demora 0,5-2 meses e os sintomas de diarreia serão aliviados quando o bebé for capaz de produzir lactase suficiente.