A utilização incorrecta do óxido de etileno pode causar danos na pele humana, no fígado e nos rins, nas vias respiratórias, no sistema nervoso, etc. Deve ser utilizado por profissionais. O óxido de etileno é um desinfetante bactericida, utilizado diariamente para a desinfeção de vestuário, instrumentos cirúrgicos, produtos biológicos, alimentos e outras fumigações por gaseificação. A substância pode ser absorvida pelo corpo através da pele, queimando a pele e causando bolhas e dor. Depois de entrar no corpo humano, pode danificar a função hepática e renal e, em casos graves, pode causar insuficiência hepática e renal ou mesmo cancro. A inalação através das vias respiratórias pode corroer as vias respiratórias, provocando dificuldades respiratórias e edema pulmonar. O envolvimento do sistema nervoso no envenenamento por óxido de etileno pode provocar dores de cabeça, náuseas e vómitos. Deve notar-se que o óxido de etileno é um produto inflamável e explosivo, que pode levar à explosão quando é armazenado ou utilizado incorretamente, pelo que é necessário prestar atenção à segurança ao aplicá-lo e à estanquicidade dos recipientes ao desinfetar; o óxido de etileno deve ser cuidadosamente selecionado ao desinfetar os alimentos, e a substância pode destruir a vitamina B2, o ácido fólico e o teor de aminoácidos nos alimentos, o que fará com que o teor de nutrientes diminua. O óxido de etileno não deve ser aplicado na desinfeção com estreptomicina, o que pode levar a uma diminuição da eficácia. A aplicação da desinfeção com óxido de etileno deve ser efectuada por profissionais para evitar consequências adversas.