Uma zaragatoa faríngea é, na realidade, uma zaragatoa longa e esterilizada sem bactérias na sua superfície. O principal objectivo da zaragatoa é recolher secreções da faringe e das amígdalas para cultura bacteriana e testes de sensibilidade a medicamentos. Isto porque a faringe contém normalmente uma variedade de flora, principalmente devido ao facto de a respiração e os alimentos passarem pela boca e de algumas bactérias estarem presentes no seu interior. Quando ocorre uma doença infecciosa, é aconselhável enviar uma zaragatoa da garganta para cultura bacteriana e teste de sensibilidade aos medicamentos para poder detectar o tipo de bactéria que causa a doença e, dependendo dos resultados, escolher o tipo de medicamento mais sensível, bem como para poder distinguir entre infecções bacterianas ou anaeróbias e infecções fúngicas. Se não existirem bactérias patogénicas evidentes na zaragatoa, a doença pode dever-se a uma infecção viral e não são necessários agentes antibacterianos.