O Saccharomyces boulardii é habitualmente utilizado clinicamente sob a forma de volume, e os doentes observam ocasionalmente urticária, reacções alérgicas, obstipação intratável, boca seca e efeitos secundários raros, como bacteriemia fúngica, angioedema e erupção cutânea, após a toma do medicamento. O pó de Saccharomyces boulardii é uma preparação microecológica que contém Saccharomyces boulardii vivo, clinicamente utilizado principalmente para o tratamento da diarreia em crianças e adultos, tendo também um certo efeito terapêutico nos sintomas de diarreia causados por desequilíbrio da flora intestinal. Os efeitos secundários do medicamento são os acima referidos, devendo os doentes procurar aconselhamento médico se ocorrer algum desconforto durante a administração do medicamento, se este persistir sem alívio ou se os sintomas forem mais graves. É de salientar que a utilização de Saccharomyces boulardii é proibida em doentes alérgicos a qualquer um dos componentes do medicamento, intolerantes à frutose, doentes com infusão por cateter venoso central, doentes com perturbações da absorção da glicose ou da galactose, doentes com galactosemia congénita e doentes com deficiência de lactase. Os doentes devem tomar Saccharomyces boulardii por indicação médica e evitar a automedicação para não induzir efeitos secundários.