Os principais procedimentos da nefrolitotomia percutânea são a anestesia, o posicionamento, a punção, a litotripsia e a colocação de uma fístula. A nefrolitotripsia percutânea requer primeiro a anestesia. Em seguida, o doente é colocado numa posição em que fica deitado de costas para o procedimento. Em segundo lugar, guiado por ultra-sons ou raios X, a pélvis renal é primeiro perfurada com uma agulha. Depois de se confirmar que a posição está correcta, é introduzida a bainha da agulha de punção e o fio-guia. Depois de retirar a bainha da agulha, é utilizado um dilatador para expandir gradualmente o fio-guia. O dilatador é então retirado e a bainha operatória é colocada na pélvis renal, seguindo-se a inserção do nefroscópio, a irrigação e o enxaguamento seguidos de litotrícia e tratamento por litotrícia e, finalmente, a colocação da fístula. Este tipo de cirurgia é adequado para o tratamento de cálculos renais com mais de 2 cm de comprimento, corpos estranhos ureterais superiores e da pélvis renal. Os doentes devem consultar o médico para exame e tratamento precoce se se sentirem indispostos.