As reacções sistémicas comuns à vacina contra o HPV incluem fadiga, dores de cabeça, dores musculares, febre, reacções gastrointestinais tais como náuseas e vómitos, dores articulares, prurido, erupção cutânea, urticária, etc. As reacções sistémicas raras incluem infecções ocasionais do tracto respiratório superior, tonturas, anomalias sensoriais locais, linfadenopatia, etc. Algumas reacções locais podem também ocorrer após a vacinação. Reacções locais muito comuns incluem dor, vermelhidão e inchaço no local da injecção e, menos frequentemente, nódulos duros no local da injecção. Em comparação com a vacina quadrivalente, a vacina dos novevalentes tem uma incidência aumentada de reacções adversas locais, mas a incidência de efeitos secundários sistémicos é essencialmente a mesma. Não tem havido mortes relacionadas com a vacina em ensaios clínicos.