A primeira são as anomalias congénitas, como a ausência congénita do útero ou um útero pequeno, que podem levar à ausência de menstruação. Em segundo lugar, a ausência de menstruação pode ser causada por certas doenças, como a síndrome dos ovários poliquísticos, a tuberculose endometrial, a tuberculose pélvica ou a insuficiência ovárica. Por exemplo, uma análise de sangue para determinar as hormonas sexuais e a função tiroideia, e uma ecografia para verificar o desenvolvimento do útero e a presença de tumores na pélvis.