Após a cirurgia de atresia, a audição pode ser melhorada se a cirurgia estiver a seguir as indicações; se o doente tiver outras doenças ou complicações, pode não haver alteração da audição após a cirurgia ou mesmo causar danos auditivos. A atresia congénita, clinicamente, pode ser através da cirurgia de reconstrução do ouvido médio do canal auditivo externo, pode atingir o objetivo de melhorar a audição. No entanto, se o doente sofrer de malformação do ouvido interno ou do canal auditivo interno, do nervo auditivo ou de pneumatização incompleta da câmara timpânica e do processo mastoide, pode não haver esperança de melhorar a audição após a cirurgia. Se houver complicações na cirurgia, como perturbações acidentais ou danos no ouvido interno devido à abertura intra-operatória da janela vestibular, à abertura do canal hemianópico ou à reconstrução dos ossículos auditivos, o doente pode sofrer de surdez neurossensorial, o que pode resultar em deficiência auditiva. A cirurgia da atrésia é atualmente o principal tratamento para a atrésia congénita. Os doentes são aconselhados a dirigir-se ao hospital e a decidir se pretendem ser submetidos à cirurgia após consulta dos seus médicos.