A perturbação da identidade sexual refere-se à perceção que uma criança tem do seu próprio sexo e a um comportamento que é contrário às suas verdadeiras características anatómicas. Ou seja, uma criança do sexo masculino (feminino) prefere vestir-se com roupas femininas (masculinas), comporta-se como se fosse uma criança do sexo feminino (masculino) ou nega persistentemente que o seu corpo tenha características anatómicas do sexo masculino (feminino). Por volta dos 2 anos de idade, as crianças normais são capazes de distinguir vagamente se as outras crianças são iguais ou diferentes delas, e tendem a preferir crianças do mesmo sexo. Por volta dos 3 anos de idade, conseguem identificar-se como sendo do sexo masculino ou feminino. Aos 3 anos, as crianças escolhem brinquedos que são semelhantes aos do seu próprio género. Aos 4 anos, são capazes de identificar corretamente se um boneco é feminino ou masculino. Por outro lado, existem diferenças de género no comportamento de rapazes e raparigas desde tenra idade, por exemplo, as raparigas gostam de brincar com bonecas, enquanto os rapazes gostam de brincar com tanques e armas. Geralmente, aos 2 anos de idade, existem diferenças de género no seu comportamento lúdico e, aos 3 ou 4 anos de idade, essas diferenças são muito evidentes. E o desenvolvimento da verdadeira sexualidade ocorre após a puberdade. As pessoas com perturbação do reconhecimento sexual, por outro lado, ainda não conseguem reconhecer a sua identidade sexual e/ou comportar-se como o sexo oposto na idade apropriada. A perturbação surge em crianças entre os 3 e os 7 anos de idade, mas não é frequente. Pode ser curada por uma mudança de ambiente se for devida apenas a uma educação ambiental deficiente. Green (1987) acompanhou 44 casos de perturbações de identificação masculina e crianças de controlo, com uma média de idade no primeiro diagnóstico de 7,1 anos (4 a 12 anos). A idade média de acompanhamento foi de 18,9 anos (14 a 24 anos). Setenta e cinco por cento das crianças tinham fantasias bissexuais ou homossexuais e 80 por cento tinham relações sexuais homossexuais ou bissexuais. No grupo de controlo, nenhum dos doentes teve fantasias homossexuais ou bissexuais e apenas um (4%) teve relações sexuais homossexuais. Os dados acima referidos mostram que, na idade adulta, há ainda um número considerável de homossexuais neste grupo de doentes. As crianças devem ser treinadas desde cedo a identificar corretamente o seu género. Os rapazes devem usar roupa de homem e ter brinquedos masculinos, como armas, carros, aviões, bolas e blocos de construção. Desde cedo, devem poder observar e imitar o comportamento corajoso do pai e estar na companhia de rapazes. As raparigas devem vestir-se com roupas de mulher e brincar com bonecas. Desde cedo, devem estar na companhia de raparigas. Os pais não devem moldar o género da criança de acordo com as suas próprias preferências, pois isso é prejudicial para o desenvolvimento da identidade sexual das crianças. Ao mesmo tempo, desde cedo, é importante evitar colocar as crianças num estado de grande ansiedade e tensão. Especialmente no caso de crianças que se inclinam para o sexo oposto numa idade precoce, deve ser dada atenção à educação. Por exemplo, os rapazes que são demasiado calados e tímidos devem ser treinados para serem activos e corajosos. Para as pessoas com perturbações existentes, pode recorrer-se à terapia comportamental, à terapia cognitiva e à psicanálise. Para aqueles cujos pais não são suficientemente saudáveis do ponto de vista psicológico ou cujas famílias estão em conflito, deve ser dada atenção ao tratamento psicológico dos pais ou ao desenvolvimento da terapia familiar. Para as pessoas com anomalias fisiológicas e anatómicas, deve ser efectuado um tratamento ativo da doença original.