A cirurgia para o mesotelioma gástrico é normalmente efectuada no Departamento de Cirurgia Geral ou no Departamento de Cirurgia Gastrointestinal, ou no Departamento de Gastroenterologia se for realizado um tratamento gastroscópico. O mesotelioma gástrico pode ser tratado tanto por cirurgia aberta como por cirurgia laparoscópica. A cirurgia aberta é mais segura mas mais invasiva, enquanto a cirurgia laparoscópica é menos invasiva mas mais arriscada. Os cirurgiões experientes podem muitas vezes utilizar a técnica laparoscópica, mas se não tiverem experiência suficiente, a cirurgia aberta é o método principal. São necessárias diferentes abordagens cirúrgicas para diferentes partes do mesotelioma gástrico. Se o tumor se encontrar no corpo ou no fundo do estômago, pode ser efectuada uma gastrectomia parcial. Se o tumor se encontrar na cárdia ou no piloro do estômago, é necessária uma ressecção maior do estômago. Hoje em dia, com algumas técnicas novas, se o tumor do doente for pequeno e estiver no piloro ou na cárdia, pode ser efectuada uma ESD endoscópica, ou seja, uma dissecção da mucosa, que é menos prejudicial para o doente, e que é normalmente realizada pelos serviços de gastroenterologia.