O prognóstico da epilepsia neonatal é geralmente baseado no grau de epilepsia benigna e maligna, com grandes variações entre os indivíduos. 1. epilepsia benigna: O prognóstico da epilepsia benigna é geralmente bom, a maioria dos recém-nascidos pode controlar bem a condição, alguns recém-nascidos podem ser controlados por cirurgia ou medicação, e se o paciente já passou a idade de início da doença, e o indivíduo está em boas condições físicas, geralmente não há recorrência da doença. 2) Epilepsia maligna: Se a doença for maligna e acompanhada pela síndrome de Lennox-Gastaut, o prognóstico pode ser relativamente mau e algumas das crianças afectadas podem sofrer de sequelas, que podem incluir atraso mental, epilepsia, paralisia, bem como ataxia, hiperatividade, perturbações da fala, perturbações audiovisuais e disfunção cerebral ligeira. O prognóstico da epilepsia neonatal deve ser avaliado por especialistas, e os doentes com sintomas de epilepsia devem ser diagnosticados e tratados o mais cedo possível para evitar atrasos no tratamento.