A principal razão para a existência do sistema imunitário nos seres humanos é identificar e destruir bactérias patogénicas e substâncias nocivas (semelhante ao sistema de segurança num país ou região, que é utilizado para identificar e punir os infractores). Como componente importante do sistema imunitário, os anticorpos são utilizados para destruir vírus, bactérias e células tumorais em circunstâncias normais; contudo, em certas situações anormais (stress prolongado, esforço, infecção ou a presença de um tumor no corpo), isto pode levar a uma perturbação do sistema imunitário do corpo. Por exemplo, o sistema imunitário activa anormalmente e produz um grande número de anticorpos (estes anticorpos perdem a sua função normal de reconhecimento e tornam-se irreconhecíveis) que, por sua vez, atacam as proteínas normais de um ou mais dos nossos órgãos (incluindo as proteínas dos componentes intra e extracelulares), resultando em funções anormais dos órgãos, o que é conhecido como doença auto-imune (para o dizer sem rodeios, uma doença em que se é imune a si próprio). Quando este ataque imunitário anormal ocorre no tecido cerebral, é chamado de encefalite auto-imune. A encefalite auto-imune é um grande grupo de doenças tratáveis e bem tratadas com uma apresentação clínica complexa mas sobretudo específica. Existem actualmente 13 encefalites auto-imunes reconhecidas, das quais a encefalite receptora anti-NMDA é a mais comum, seguida de encefalite com anticorpos ao complexo VGKC (LGI1, CASPR2), encefalite com anticorpos ao receptor AMPA e encefalite com anticorpos ao receptor GABAb.