O colesteatoma é mais frequentemente removido cirurgicamente, pois é basicamente um tumor benigno no crânio e não é particularmente sensível à radioterapia ou quimioterapia. Por conseguinte, a maioria dos colesteatomas são removidos cirurgicamente. Contudo, o tipo exacto de cirurgia a ser realizada depende da forma e localização do colesteatoma, uma vez que os colesteatomas intracranianos são relativamente complexos e podem ser removidos através de uma abordagem frontal, uma abordagem temporal ou mesmo uma abordagem posterior através do seio sigmóide. É importante fazer um exame pré-operatório para determinar a localização exacta do colesteatoma, a sua morfologia e se este envolve quaisquer vasos sanguíneos ou nervos. Em alguns casos, é necessária uma combinação de ambos os procedimentos, para que as alterações específicas da condição possam ser identificadas e o colesteatoma possa ser removido.