A vacina contra o HPV é geralmente administrada três vezes, a segunda injecção 1-2 meses após a primeira e a terceira injecção pelo menos 6 meses após a primeira ou mais de 4 meses após a segunda. Cabe ao médico decidir se deve ou não dar uma terceira dose, e geralmente as mulheres de 9-14 anos podem ter apenas duas doses. Se forem dadas apenas duas doses, o intervalo entre a segunda vacinação contra o HPV deve ser de 6-12 meses após a primeira injecção. Por conseguinte, o intervalo entre as vacinas contra o HPV varia, dependendo da população e do número de injecções, e cabe ao paciente tomar o controlo. Se o processo de vacinação for interrompido durante estas três injecções, não há necessidade de reiniciar a primeira vacinação contra o HPV. As mulheres podem geralmente ser vacinadas durante os seus períodos, e as constipações e infecções menores não afectam a vacinação. A vacinação é geralmente administrada intramuscularmente, sendo o local preferido de vacinação o músculo deltóide do antebraço.