A toma excessiva de pílulas contraceptivas de emergência pode ser prejudicial para o organismo da mulher. Em primeiro lugar, pode causar algum desconforto no tracto gastrointestinal, com sintomas como diarreia, dores abdominais, náuseas e vómitos. Em segundo lugar, pode provocar perturbações endócrinas, como distúrbios menstruais, menstruação adiantada ou atrasada, redução do fluxo menstrual ou mesmo amenorreia. A utilização excessiva de contraceptivos de emergência pode afectar o metabolismo das proteínas, das gorduras e dos açúcares da mulher, provocando hipertensão arterial e arteriosclerose. Os contraceptivos de emergência podem também estimular a coagulação sanguínea nas mulheres, o que pode levar a um aumento da coagulação sanguínea e a perturbações trombóticas. A pílula contraceptiva de emergência pode ser muito prejudicial para as mulheres e recomenda-se que tome a pílula na dose exacta indicada ou utilize outras formas de contracepção para reduzir os efeitos secundários da pílula.