A toracocentese, como medida terapêutica e diagnóstica no caso de derrame pleural, tem menos complicações se for correctamente diagnosticada e se o tratamento for correctamente realizado, mas existem ainda certas contra-indicações. As principais contra-indicações para a toracocentese são: i. Pessoas com insuficiência cardíaca grave, nervosas durante a punção e outros factores que possam ter impacto na doença coronária grave e na insuficiência cardíaca grave. ii. Em pessoas com tosse violenta e dificuldade de posicionamento, a agulha de toracocentese pode perfurar acidentalmente órgãos e tecidos da cavidade torácica. III. A inflamação no local da punção ou na sua proximidade e a punção podem provocar a propagação da inflamação. IV. Quando se suspeita de um tumor no local da punção, esta deve ser efectuada com cuidado, o que pode provocar a disseminação do tumor ao longo do trajecto da agulha e noutras partes do corpo. v. Nos doentes que sofrem de perturbações graves da coagulação, como os doentes com hemofilia, a punção pode provocar hemorragias graves. Em sexto lugar, as crianças pequenas e as crianças não sedadas e pouco cooperantes também devem ser puncionadas com precaução.