A ciclofosfamida é uma droga quimioterápica e existem certos riscos e efeitos adversos associados à sua injecção, geralmente cistite ou cistite hemorrágica, e também uma insuficiência renal secundária. Quando administrada através de uma veia periférica, a flebite pode também desenvolver-se nos vasos sanguíneos no local da injecção e o paciente pode também sentir dor. Os efeitos secundários comuns dos medicamentos de quimioterapia são irritação gastrointestinal, incluindo náuseas, vómitos, dor epigástrica, distensão abdominal e diarreia, e anomalias da função hepática, tais como aumento das transaminases e bilirrubinases, com uso prolongado. Antes da utilização da ciclofosfamida, devem ser efectuados testes sanguíneos de rotina e testes à função hepática e renal. Durante o decurso da medicação, é também importante rever as alterações nos indicadores laboratoriais e prestar atenção à administração de medicamentos para proteger a mucosa gástrica, a função hepática e a função renal.