As vantagens da gastroenteroscopia são a facilidade de deteção de lesões, a possibilidade de biópsia ou tratamento, etc., e as desvantagens são a dificuldade de operação e a invasividade.
A gastroenteroscopia entra no trato gastrointestinal do examinado e pode ser observada de forma tão intuitiva e clara como o olho humano, de modo a encontrar com precisão lesões subtis no trato gastrointestinal, tais como úlceras, erosões, pólipos, etc., e podem ser feitas biópsias diretamente das lesões ou podem ser realizados tratamentos eficazes, tais como hemostasia de pontos hemorrágicos, medicação local e remoção de pólipos.
No entanto, a gastroenteroscopia tem algumas desvantagens: é difícil de operar e requer que o operador tenha competências técnicas profissionais, o que não pode ser popularizado. A gastroenteroscopia é um exame invasivo e alguns doentes não toleram o desconforto que provoca, como o enfartamento seco, a dor abdominal, a distensão abdominal e outros sintomas.
A gastroenteroscopia deve ser efectuada num hospital normal, operada por um médico profissional e tratada se necessário.