Atualmente, não existem melhores auto-testes para o diagnóstico do Toxoplasma gondii. Nesta fase, os principais métodos de diagnóstico da infeção por Toxoplasma são os testes patogénicos e serológicos e as técnicas de diagnóstico molecular. Entre eles, o exame patogénico tem um significado confirmatório e pode basear-se principalmente no método de coloração do esfregaço, que pode tomar ascite, derrame pleural, líquido amniótico, líquido cefalorraquidiano, medula óssea ou sangue de doentes na fase aguda, e depois centrifugado para retirar o sedimento para fazer um esfregaço, ou utilizar o esfregaço de material de biópsia para detetar microscopicamente trofozoítos de Toxoplasma gondii. No entanto, este método é simples, mas a taxa de positividade não é elevada e é fácil falhar a deteção. Devido à dificuldade do exame patogénico da toxoplasmose e à baixa taxa de positividade, o exame serológico é um importante instrumento auxiliar de diagnóstico amplamente utilizado atualmente. Atualmente, o teste de coloração mais utilizado para a determinação, como o teste de hemaglutinação indireta, é um método com boa especificidade e sensibilidade, de funcionamento simples, adequado para a investigação epidemiológica e amplamente utilizado. Além disso, podem também ser utilizadas técnicas de diagnóstico molecular com elevada sensibilidade e especificidade, como a utilização da tecnologia de amplificação quantitativa por fluorescência em tempo real para detetar o Toxoplasma gondii, o gene alvo B1 habitualmente utilizado, para a deteção de amostras de líquido amniótico suspeitas de infeção congénita.