A ecografia pode identificar a presença de quistos na pélvis, a sua localização e a estrutura interna dos quistos, mas não pode confirmar o diagnóstico de endometriose. Isto porque é por vezes difícil distinguir a endometriose da malignidade dos ovários, tuberculose e massas inflamatórias. Dependendo do estado do paciente, o médico pode recomendar uma ressonância magnética, cistoscopia, proctoscopia, ultra-som de ambos rins e ureteres, CA125, etc. Uma RM pode esclarecer a presença e extensão da invasão do recto, bexiga e ureter e pode ajudar a diferenciá-lo da malignidade. As endo-anomalias invadem ou comprimem frequentemente o ureter, levando à hidronefrose, mesmo à atrofia renal e à insuficiência renal crónica. A ecografia do ureter tanto dos rins como da TC do sistema urinário pode ajudar no diagnóstico. A cistoscopia para as pessoas com urinação periódica dolorosa, micção frequente e sangue na urina, e a colonoscopia rectal para as pessoas com sangue periódico nas fezes e defecação dolorosa, não só revelará a extensão do envolvimento da bexiga e da mucosa rectal, mas também permitirá uma biopsia para um diagnóstico definitivo. CA125 não é um indicador específico de cancro e pode estar elevado em casos de endometriose, adenomose, inflamação e outras condições fisiológicas, tais como menstruação e gravidez. Não pode ser utilizado sozinho para diagnosticar a endometriose. O método mais reconhecido de diagnóstico da endometriose é a laparoscopia. Não só pode ser feito um diagnóstico definitivo, como também a lesão terminal pode ser removida. É claro que o diagnóstico mais preciso depende da patologia pós-operatória. Se for este o caso, é possível realizar a cirurgia laparoscópica sem estes testes? Os testes acima referidos não confirmam o diagnóstico de endo, mas podem ajudar o cirurgião a descartar outras condições e reduzir o grupo de pessoas que necessitam de cirurgia. Ajuda o cirurgião a avaliar a extensão e o grau de endometriose e fornece uma base para um plano cirúrgico razoável. Também não recuse ao seu médico um exame pélvico ginecológico, uma vez que algum endo nodal profundo é difícil de detectar por imagem e um exame pélvico pode ajudar com o diagnóstico. Alguns doentes perguntam se os seus quistos de chocolate desaparecerão naturalmente. A resposta é não. Os quistos de chocolate ovarianos não desaparecem espontaneamente e mesmo com medicamentos não desaparecem completamente. A maioria dos que desaparecem espontaneamente são quistos fisiológicos do ovário. Existem dois tipos comuns de quistos fisiológicos, um chama-se cisto folicular, que é normalmente visto no meio do período menstrual, ou seja, durante a ovulação. O outro é o corpus luteum cyst, que se encontra na segunda metade da menstruação ou fase luteal. Os quistos fisiológicos do ovário têm geralmente menos de 5cm de tamanho, sem ecogenicidade na ecografia (há excepções clínicas), e estão associados a alterações cíclicas na menstruação, e a maioria desaparece espontaneamente dentro de 2-3 meses sem tratamento. Portanto, quer o cisto ovariano seja primeiro detectado durante um exame ginecológico com sintomas ou durante um exame físico ultra-sonográfico, o médico aconselhará o doente a observar o cisto durante 2-3 meses e depois rever o ultra-som para descartar a possibilidade de um cisto fisiológico. Se o quisto ovariano não desaparecer por si só em 3 meses, o médico recomendará mais investigações ou sugerirá uma cirurgia laparoscópica (aberta) para clarificar o diagnóstico.