O factor mais importante que afecta o prognóstico do cancro renal é a fase patológica. Além disso, factores como a classificação histológica, a pontuação do estado comportamental do paciente, os sintomas, a presença de necrose tecidual no tumor, e anormalidades e alterações em alguns indicadores bioquímicos estão também relacionados com o prognóstico do cancro renal. Acreditava-se anteriormente que o prognóstico do cancro renal estava relacionado com o tipo histológico, com adenocarcinoma renal papilar e carcinoma celular suspeito tendo um prognóstico melhor do que o carcinoma celular claro; adenocarcinoma renal papilar tipo I tendo um prognóstico melhor do que o tipo II; e carcinoma colector de ducto tendo um prognóstico pior do que o carcinoma celular claro. Contudo, alguns estudos demonstraram que os subtipos histológicos não são factores prognósticos independentes em comparação com o estádio de TNM, classificação do cancro e pontuação do estado físico, e não há diferença significativa no prognóstico entre subtipos com o mesmo estádio e classificação do tumor. No entanto, a taxa de resposta à terapia com citocinas variou entre os tipos histológicos de mRCC, tendo os doentes com tipo de carcinoma celular claro uma taxa de resposta de aproximadamente 10-20%, enquanto o carcinoma papilífero renal e o carcinoma celular suspeito foram mal tratados com citocinas.