Os cálculos no tracto urinário superior podem causar desconforto gástrico, enquanto os cálculos no tracto urinário inferior não causam normalmente desconforto gástrico. Alguns dos nervos que inervam os rins e o ureter superior têm ramos de trânsito para os nervos do tracto gastrointestinal, pelo que uma lesão nos rins ou no ureter superior pode provocar desconforto gástrico. Esta situação é frequentemente observada nos cálculos ureterais superiores e nos cálculos renais, que se apresentam com dores nas costas acompanhadas de náuseas, vómitos ou distensão e desconforto na parte superior do abdómen. Se o cálculo tiver entrado na parte inferior do ureter, na bexiga e na uretra, não causa desconforto no estômago, mas apenas irritação do tracto urinário, como micção frequente, urgência ou sangue nos olhos. Por conseguinte, no caso dos cálculos ureterais superiores, é necessário o alívio da dor, bem como a supressão da produção de ácido, cólicas gástricas ou tratamento anti-emético para reduzir o desconforto gástrico. Quando o cálculo é drenado para o ureter inferior ou para a bexiga, o desconforto gástrico é aliviado ou desaparece.