Os doentes com onicomicose são tratados com tampões de algodão, que são normalmente inseridos entre a unha e o leito ungueal para permitir que a unha atravesse a granulação superior. A colocação de tampões de algodão é normalmente utilizada para tratar formas mais ligeiras de onicomicose e envolve a desinfeção de toda a unha e a inserção de algodão macio ou de lã de algodão entre a unha e o leito ungueal. Antes do enchimento, é necessário remover a secreção e manter a área seca. Após o enchimento, é necessário garantir que a unha consegue atravessar a granulação superior, a operação específica tem de ser efectuada por um médico profissional e o algodão tem de ser mudado todos os dias para os doentes com mais exsudado, sendo efectuados controlos semanais. Recomenda-se que os doentes mantenham os dedos dos pés limpos durante o período de tratamento, evitem usar sapatos apertados para agravar a condição, e aqueles com infecções graves podem tomar antibióticos como o cefadroxil e o metronidazol sob a orientação do médico para tratamento, e a cirurgia pode ser escolhida se necessário.