O maior risco de craniotomia de aneurisma é a re-ruptura e hemorragia do aneurisma, porque durante o processo de pinçamento da craniotomia de aneurisma, é fácil irritar o neurovascular circundante, ou mesmo irritar directamente o aneurisma, e se a operação não for feita com cuidado, mesmo uma diferença de 1mm pode fazer com que o aneurisma se rompa e sangre novamente. As consequências da ruptura e hemorragia durante a cirurgia podem ser catastróficas, e por vezes a hemorragia é tão agressiva que não há tempo para a observar e só pode ser tratada paliativamente, pelo que é a maior ameaça. Há também situações como o pinçamento de demasiados vasos sanguíneos, causando bloqueio e necrose isquémica dos nervos no final, criando o risco de enfarte cerebral, ou a abertura do crânio para que bactérias externas possam entrar no crânio, criando o risco de infecção intracraniana, e a possibilidade de danos na parte parenquimatosa do cérebro, criando a possibilidade de epilepsia, muitas situações que podem levar ao risco de cirurgia.