Os sintomas da doença inflamatória intestinal são comuns: 1. colite ulcerosa: com início no cólon e sintomas como fezes com pus e sangue, febre e anemia, a doença pode ser diagnosticada por colonoscopia; 2. doença de Crohn: os sintomas são atípicos, alguns doentes têm uma história de dor abdominal oculta durante muitos anos, ou sintomas como obstipação e diarreia, que não podem ser diagnosticados apenas por colonoscopia e são propensos a subdiagnóstico clínico. A doença de Crohn é mais complexa e desenvolve-se principalmente no intestino delgado, na extremidade do íleo. Embora a doença de Crohn possa ocorrer em todo o tracto gastrointestinal, desde a boca até ao ânus, o seu aparecimento dá-se principalmente na extremidade do íleo e a colonoscopia geral ou a gastroscopia não conseguem detectar a lesão, para além de os sintomas serem atípicos, pelo que o diagnóstico passa facilmente despercebido.