A gastroscopia não é geralmente recomendada em crianças, a menos que haja um corpo estranho, ou haja suspeita de outros possíveis problemas anatómicos que possam afinar a gastroscopia. Recomenda-se geralmente a utilização da nasogastroscopia, uma vez que tem um diâmetro relativamente fino, cerca de 0,6-0,8cm, em comparação com o gastroscópio normal para adultos, que tem cerca de 1,1cm e é relativamente espesso e não é adequado para a anatomia das crianças. A maioria das gastroscopias em crianças são realizadas passando o nasogastroscópio pela boca para o esófago e depois para o estômago para observar algumas das condições associadas ao estômago e para remover corpos estranhos. Para crianças suspeitas de terem outras doenças possíveis, pode ser utilizada uma refeição de bário ou um abdómen de TAC para ajudar no diagnóstico e tratamento e, se necessário, a gastroscopia deve ser concluída.