O impacto da encefalite na criança e o trauma que provoca em toda a família é enorme, e a maioria é acompanhada por alterações na composição do líquido cefalorraquidiano, cujo início varia. As hipóteses de sequelas são muito elevadas para crianças que se atrasam na procura de cuidados médicos, têm convulsões frequentes ou estão em coma durante um longo período de tempo, e têm danos cerebrais significativos, frequentemente com sequelas neurológicas ou psiquiátricas. Para crianças com encefalite viral especial, como a encefalite equina oriental, a probabilidade de sequelas é também muito elevada e o prognóstico é pobre, sendo as sequelas mais comuns o atraso mental, paralisia ou convulsões. Quanto mais jovem for a criança, maior é a probabilidade de sequelas. Para crianças com encefalite por herpes simplex, as sequelas não são apenas sequelas, mas uma taxa de mortalidade de 30%. Nas crianças sobreviventes com encefalite por herpes, as sequelas são principalmente paralisias e movimentos restritos. É importante detectar e tratar a doença o mais cedo possível para minimizar as sequelas de encefalite. É importante detectar e tratar a encefalite o mais cedo possível para minimizar o aparecimento de sequelas, pois será demasiado tarde para lamentar. Cada criança tem sintomas diferentes, pelo que é importante procurar cuidados médicos precoces quando são detectadas anomalias.