A ultra-sonografia do ânus é uma ajuda de diagnóstico comum, e pode normalmente clarificar a natureza da lesão, quer substancial, como uma massa inflamatória, quer fluida, como um abcesso. O ultra-som do ânus é normalmente dividido em ultra-som da superfície perianal, que é realizado mantendo a área perianal limpa, colocando o doente numa posição adequada, como deitado de lado, e depois espalhando a sonda de ultra-som ao longo do ânus para observar se existem ecos anormais. O ultra-som anal também é por vezes realizado com ultra-sons endorretais, que podem identificar a localização, extensão e natureza dos abcessos perianais profundos e das fístulas. É aplicada uma sonda de ultra-som endoluminal, o recto é esvaziado e mantido limpo, depois a sonda é inserida no recto, é escolhida uma posição adequada e a lesão é observada pela sua presença.