Há duas possibilidades de fazer fezes negras ao tomar medicamentos para matar H. pylori: uma é causada pelo próprio medicamento; a outra é uma irritação da mucosa gastrointestinal que leva a uma hemorragia no tracto digestivo. As fezes negras dos medicamentos para matar o H. pylori são frequentemente devidas à presença de citrato de bismuto no medicamento. Uma vez que o medicamento tem bismuto, é normal ter fezes negras porque a cor do próprio medicamento faz com que as fezes sejam negras. No outro caso, é uma classe de medicamentos antibióticos como o metronidazol ou cápsulas de amoxicilina que irritam a mucosa do tracto gastrointestinal, causando edema, congestão e erosão da mucosa gastrointestinal, o que leva a fezes negras. Isto é muito raro e é frequentemente uma úlcera gástrica ou úlcera duodenal do bulbo, onde a hemorragia gastrointestinal é mais provável que ocorra por cima da doença.